อคติในการจัดลำดับระดับชาติอาจนำไปสู่การประเมินค่าความชุกที่แท้จริงของ Omicron สูงเกินไป BY ฟิลิป คีเฟอร์ | เผยแพร่เมื่อ 3 มกราคม 2022 13:11 น
ศาสตร์
สุขภาพ
แพทย์หญิงสวมชุดป้องกัน เตรียมหลอดทดลอง ต้าน covid
เนื่องจาก Omicron แพร่กระจายอย่างรวดเร็ว การเปลี่ยนแปลงเล็กๆ น้อยๆ ในความเข้าใจของเราเกี่ยวกับความชุกในขั้นต้นสามารถนำไปสู่ผลลัพธ์ของแบบจำลองที่แตกต่างกันอย่างมหาศาลBIHLMAYERFOTOGRAFIE/DEPOSIT PHOTOS
ณ สิ้นเดือนธันวาคม CDC ได้แก้ไขประมาณการความชุกของ Omicron อย่างรวดเร็วเมื่อเทียบกับสายพันธุ์ COVID อื่น ๆ ทั่วสหรัฐอเมริกา ก่อนวันอังคาร มีรายงานว่า Omicron คิดเป็นร้อยละ 73 ของผู้ติดเชื้อโควิด-19 รายใหม่ตั้งแต่วันที่ 12 ถึง 18 ธันวาคม ปัจจุบันพบความชุกในสัปดาห์นั้นที่ 23 เปอร์เซ็นต์ และประมาณการว่า Omicron คิดเป็น 59 เปอร์เซ็นต์ของผู้ป่วยรายใหม่ระหว่างวันที่ 19-25 ธันวาคม .
ตามที่Popular Scienceรายงานเมื่อเร็วๆ
นี้การประมาณการที่ต่ำลงทำให้เข้าใจการระบาดของสหรัฐฯ ได้ยากขึ้น เดลต้ายังคงเป็นกำลังสำคัญ และมีแนวโน้มว่าจะมีผู้เสียชีวิตส่วนใหญ่
ทำไมการแกว่งอย่างน่าทึ่งเช่นนี้? CDC ไม่สามารถเห็นทุกกรณีของ COVID ดังนั้นจึงอาศัยแนวคิดการสร้างแบบจำลองที่เรียกว่า nowcast (ตอนนี้ + การคาดการณ์) แบบจำลองนั้นคาดการณ์การแพร่กระจายตามลักษณะของตัวแปรของ COVID และประชากรทั่วไป และเชื่อมโยงการคาดการณ์นั้นกับข้อมูลในโลกแห่งความเป็นจริง
ขณะนี้ ยังมีความไม่แน่นอนอยู่มากว่า Omicron แพร่กระจายได้เร็วเพียงใดเมื่อเทียบกับเดลต้า และสามารถแพร่เชื้อไปยังผู้ที่มีภูมิคุ้มกันก่อนหน้าได้ง่ายเพียงใด Anass Bouchnita ผู้สร้างแบบจำลองโรคติดเชื้อจาก University of Texas at Austin’s COVID-19 Modeling Consortium กล่าวว่า “แบบจำลองทางคณิตศาสตร์ที่อธิบายพลวัตของการแพร่เชื้อโควิดกลายเป็นเรื่องที่ซับซ้อนมากขึ้นเรื่อยๆ “เรามีผลใหม่หลายอย่าง”— เช่น ประสิทธิภาพของสารกระตุ้นและภูมิคุ้มกันก่อนหน้า —“ที่จำเป็นต้องรวมเข้าด้วยกัน และเราต้องทำสิ่งนี้อย่างรวดเร็วมาก เมื่อพิจารณาว่าภูมิทัศน์ของโควิดเปลี่ยนแปลงไปเร็วแค่ไหน”
Bouchnita และเพื่อนร่วมงานได้จัดทำแบบจำลองการแพร่กระจายของ Omicronในช่วงกลางเดือนธันวาคมโดยอิงจากข้อมูลที่มีอยู่เกี่ยวกับคุณสมบัติของตัวแปร “ในสถานการณ์ที่มองโลกในแง่ร้ายที่สุด เราคาดว่ายอดจะสูงถึง 500,000 เคสต่อวัน” เขากล่าว ตั้งแต่นั้นมา ก็มีโอกาสมากขึ้นที่คลื่น Omicron จะเกิดขึ้นเร็วขึ้นและคมชัดขึ้น “เมื่อเราแก้ไขประมาณการ เราคาดว่าจำนวนเคสจะสูงถึง 700,000 ต่อวัน” ในช่วงเดือนมกราคม
แต่ความไม่ชอบมาพากลในข้อมูลพื้นฐานก็นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงเช่นกัน เนื่องจาก Omicron แพร่กระจายอย่างรวดเร็ว การเปลี่ยนแปลงเล็กๆ น้อยๆ ในความเข้าใจของเราเกี่ยวกับความชุกในขั้นต้นสามารถนำไปสู่ผลลัพธ์ของแบบจำลองที่แตกต่างกันอย่างมหาศาล ในระดับหนึ่ง ความไม่ชอบมาพากลของข้อมูลเหล่านั้นอาจเป็นสิ่งพื้นฐานที่ค่อนข้างธรรมดา: สหรัฐฯ กำลังมองหากรณีของ Omicron และพบกรณีเหล่านี้จำนวนมาก “สาเหตุหนึ่งที่ CDC ปรับตัวเลขความชุกของพวกเขาเป็นเพราะห้องปฏิบัติการจำนวนมากมองหาตัวอย่าง [Omicron] โดยเฉพาะ” Krista Queen ผู้ดูแลการจัดลำดับ COVID ที่มหาวิทยาลัยรัฐลุยเซียนา Health Shreveport กล่าว “เมื่อคุณมองหา [ตัวแปร] นั้น มันจะขยายความชุก”
Omicron ตรวจพบได้ง่ายด้วยการทดสอบ PCR
แม้จะไม่ได้จัดลำดับก็ตาม การทดสอบ PCR จะค้นหาลำดับเฉพาะจำนวนหนึ่งจากจีโนมของไวรัส และมันก็เกิดขึ้นที่บางส่วนได้รับการออกแบบเพื่อค้นหาลำดับที่บน Omicron ได้กลายพันธุ์ในรูปแบบที่ไม่รู้จัก เมื่อใช้การทดสอบดังกล่าวในกรณีของ Omicron การทดสอบดังกล่าวจะส่งกลับค่าบวกบางส่วน: สามใช่สำหรับลำดับที่ไม่บุบสลาย และหนึ่งไม่ใช่เรียกว่า “ความล้มเหลวของเป้าหมายยีน S” ลายเซ็นนั้นไม่ใช่สแลมดังค์ เพราะมันปรากฏในสายพันธุ์อื่นๆ แต่มันให้เบาะแสนักวิจัย
[ที่เกี่ยวข้อง: Omicron ไม่ได้แซง Delta เร็วเท่าที่ CDC คิด – และนั่นเป็นข่าวร้าย]
ผลลัพธ์ PCR ที่ชัดเจนเหล่านี้เป็นส่วนสำคัญของการที่ระบบเฝ้าระวังจีโนมของสหรัฐฯ ยืนยันการมีอยู่ของ Omicron อย่างรวดเร็ว หน่วยงานด้านสุขภาพทั่วประเทศมองหากรณีที่เกิดได้ยากที่เป้าหมายของยีน S ล้มเหลว และจัดลำดับไว้ “ต้นเดือนธันวาคม” Queen กล่าว “กระทรวงสาธารณสุขของรัฐลุยเซียนา”—เหมือนกับหน่วยงานด้านสุขภาพทั่วประเทศ—”กำลังจัดลำดับความสำคัญของตัวอย่างที่มีเป้าหมายล้มเหลวของยีน S”
ขณะนี้ ทีมงานของ Queen ได้จัดลำดับตัวอย่างทุกตัวอย่างที่มาจากห้องปฏิบัติการทดสอบของ LSU ซึ่งทำงานร่วมกับสถานพยาบาลและสถานที่ทดสอบในชุมชน ซึ่งทำให้เห็นภาพที่ชัดเจนขึ้นเกี่ยวกับความชุกของ Omicron อย่างไรก็ตาม อคติในการจัดลำดับระดับชาตินั้นน่าจะนำไปสู่การประเมินค่าความชุกที่แท้จริงของ Omicron สูงเกินไป
จากนั้นผู้สร้างโมเดลจำเป็นต้องพิจารณาความเอนเอียงในการทดสอบ ผู้ที่ฉีดวัคซีนมีโอกาสน้อยที่จะติดโรคโควิด-19 เลย แต่มีโอกาสติดเชื้อ Omicron มากกว่าด้วยคุณสมบัติการหลบเลี่ยงภูมิคุ้มกัน มากกว่าเดลต้า และข้อมูลบางส่วนชี้ให้เห็นว่าผู้ที่ได้รับวัคซีนก็มีแนวโน้มที่จะแสวงหาการทดสอบเช่นกัน “เฉพาะคนที่ไปรับการทดสอบเท่านั้นที่เรากำลังจัดลำดับ” ควีนกล่าว “เราเห็น Omicron มากขึ้นเพราะเป็นที่แพร่หลายมากขึ้นจริงหรือ? หรือเพราะใครที่กำลังจะหมดการทดสอบ?”
แต่การเพ่งความสนใจไปที่ความชุกของ Omicron ในระดับประเทศมากเกินไปอาจทำให้เข้าใจผิด: โรคระบาดนี้ดูแตกต่างกันอย่างมากในสถานที่ต่างๆ โดยที่การระบาดของ Delta ที่ร้ายแรงในแถบมิดเวสต์ตอนบนของ Omicron เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วในเมืองที่ได้รับการฉีดวัคซีนอย่างสูง เช่น Seattle
ที่สำคัญกว่านั้นคือการทำความเข้าใจความชุกของ Omicron ในระดับท้องถิ่น ส่วนหนึ่งเป็นเพราะโรคนี้มีพฤติกรรมค่อนข้างแตกต่าง โดยแพร่กระจายเร็วขึ้นและง่ายขึ้นในหมู่ผู้ที่ได้รับวัคซีน ซึ่งต้องใช้มาตรการป้องกันความปลอดภัยที่แตกต่างกัน แต่ควีนชี้ให้เห็นว่า การจัดสรรยารักษาโรคโควิดก็มีความสำคัญเช่นกัน “ตอนนี้ความต้องการการรักษาใดๆ ก็ตามต้องผ่านหลังคา” ควีนชี้ให้เห็น การรักษาด้วยแอนติบอดีบางตัวสำหรับผู้ป่วยโควิด-19 ใช้ไม่ได้กับ Omicron ดังนั้นภูมิภาคที่มีตัวแปรใหม่จึงต้องใช้ยาที่ต่างกัน “รัฐสามารถตอบสนองความต้องการได้หรือไม่? นั่นคือสิ่งที่สำคัญมากกว่าการประมาณการโดยรวมโดยรวมสำหรับสหรัฐอเมริกา”
